Ενδεχόμενου ενδιαφέροντος:
Πηγή: FICUS JGI-NERSC-KBase – DOE Joint Genome Institute
Αντιγράφω μερικές από την παρακάτω ανακοίνωση:
Η πρόσκληση Επιστήμης Βιολογικών Δεδομένων θα επιτρέψει στους χρήστες να πραγματοποιήσουν υπολογιστική έρευνα τελευταίας τεχνολογίας για να εξερευνήσουν τον πλούτο των γονιδιωματικών και μεταγονιδιωματικών δεδομένων που παράγονται παγκοσμίως και να μεταφράσουν πληροφορίες αλληλουχίας σε βιολογική ανακάλυψη. Οι χρήστες θα έχουν πρόσβαση σε πόρους και δυνατότητες μέσω δύο εγκαταστάσεων χρήστη του DOE Office of Science, του Κοινό Ινστιτούτο Γονιδιώματος (JGI) και το Εθνικό Επιστημονικό Υπολογιστικό Κέντρο Έρευνας Ενέργειας (NERSC), καθώς και το DOE Systems Biology Knowledgebase (KBase). Η πρόσκληση στοχεύει να βοηθήσει τους χρήστες να πραγματοποιήσουν υπολογιστικές αναλύσεις μεγάλης κλίμακας της γονιδιωματικής και των σχετικών ωμικών δεδομένων για την επίλυση προβλημάτων που σχετίζονται με την αποστολές DOE στη βιοενέργεια και το περιβάλλον».
Ενθαρρύνονται έργα που αφορούν:
- Εξόρυξη δεδομένων μεγάλης κλίμακας για γονίδια, γονιδιώματα, μεταβολικές και βιοσυνθετικές οδούς και ρυθμιστικά μοτίβα ενδιαφέροντος
- Υπολογισμοί μεγάλης κλίμακας για μεγάλα σύνολα δεδομένων που διερευνούν τη δύναμη των Υπολογιστών Υψηλής Απόδοσης
- Ανάπτυξη εξηγητός κλιμακούμενες μεθόδους μηχανικής μάθησης και βασισμένες στην τεχνητή νοημοσύνη για ταξινόμηση ακολουθιών, κλήση γονιδίων ή λειτουργικό σχολιασμό γονιδίων με χρήση υπολογιστικών εργαλείων υψηλής απόδοσης, όπως HipMCL, MetaHipMerκαι τα λοιπά.
- Ανάπτυξη νέων εργαλείων ανάλυσης και/ή οπτικοποίησης για δεδομένα multi-omics μεγέθους Terabyte (TB) που μπορούν να αναπτυχθούν στο KBase, IMGή MycoCosm
- Διανομή προϊόντων δεδομένων που προκύπτουν μέσω πυλών IMG/JGI ή KBase
Οι βασικές δυνατότητες DOE JGI, NERSC και KBase που είναι διαθέσιμες μέσω αυτής της κλήσης περιλαμβάνουν:
- Έως 2 εκατομμύρια ώρες CPU στο Η καρδιά ενός υπερυπολογιστή (128 GB μνήμη ανά κόμβο, 32 πυρήνες)
- Πρόσβαση έως και 100 TB αποθήκευσης υψηλής απόδοσης στο παράλληλο σύστημα αρχείων NERSC και ενδιάμεση μνήμη έκρηξης για να ξεπεραστούν τα σημεία συμφόρησης I/O
- Η τεχνογνωσία του προσωπικού DOE JGI, NERSC και KBase
- The Integrated Microbial Genomes & Microbiomes (IMG/M) βάση δεδομένων, η μεγαλύτερη δημόσια διαθέσιμη ολοκληρωμένη πηγή συναρμολογημένων μεταγονιδιωματικών αλληλουχιών και απομόνωσης μικροβιακών γονιδιωμάτων
- Η πύλη MycoCosm, η μεγαλύτερη συλλογή γονιδιωμάτων μυκήτων
- Ένα ολοκληρωμένο λογισμικό και πλατφόρμα δεδομένων, το KBase, για μεταβολική μοντελοποίηση μικροβίων ή μικροβιακών κοινοτήτων, προσαρμοσμένη επεξεργασία μικροβιακών και μυκητιακών γονιδιωμάτων και μεταγονιδιωμάτων και υπερσύγχρονες υπολογιστικές ροές εργασίας, αφηγήσεις και αγωγούς
- Συγκριτικές αναλύσεις (π.χ. μεγάλα ή σύνθετα ερωτήματα) του συστήματος IMG που δεν είναι διαθέσιμες μέσω της διεπαφής ιστού.
- Ανάλυση με επίκεντρο την οικογένεια γονιδίων/πρωτεϊνών δεδομένων IMG ή KBase‘
Για περισσότερες πληροφορίες βλ FICUS JGI-NERSC-KBase – DOE Joint Genome Institute
