Την τελευταία εβδομάδα λοιπόν, τρέξαμε ένα εργαστήριο σχετικά με τη βακτηριακή γονιδιωματική στο Εργαστήριο Jet Propulsion Laboratory (JPL). Ποιοι είμαστε «εμείς»; Μια καταπληκτική συνεργασία μεταξύ πολλών ιδρυμάτων. Το όλο θέμα ξεκίνησε από τον Δρ Παράγ Vaishampayan (NASA-JPL), ο οποίος επικοινώνησε με τον εαυτό μου (UC Davis), τον Dr. Elinne Becket (Cal State San Marcos) και τον Dr. Kenisha Johnson (Alabama A&M) σχετικά με την αίτηση χρηματοδότησης για ένα εργαστήριο με στόχο τη διδασκαλία σε προπτυχιακούς φοιτητές σχετικά με τη βακτηριακή γονιδιωματική, μέσα σε ένα πλαίσιο πλανητικής προστασίας. Πήραμε την επιχορήγηση και οργανώσαμε το εργαστήριο, μαζί με την κριτική βοήθεια του Guillaume Jospin από το εργαστήριο του Jonathan Eisen και του Mike Lee από τη NASA-Ames. Με περίπου 15 προπτυχιακούς φοιτητές, ένα ζευγάρι μεταπτυχιακών φοιτητών και ένα ζευγάρι καθηγητών περάσαμε ένα καταπληκτικό διήμερο.
Ο στόχος εδώ ήταν να διδαχθούν τα βασικά της Πλανητικής Προστασίας, συμπεριλαμβανομένων των απομονώσεων των εγκαταστάσεων συναρμολόγησης διαστημικών σκαφών που συλλέγουν και αποθηκεύουν στο JPL. Στη συνέχεια, εξερευνήσαμε τα βασικά στοιχεία του Unix και της γραμμής εντολών, προχωρώντας στην πραγματοποίηση της πραγματικής περικοπής, QC, συναρμολόγησης και επικύρωσης των συγκροτημάτων. Στη συνέχεια, οι μαθητές ανέβασαν το γονιδίωμά τους στο RAST, έμαθαν πώς να εξερευνούν τον σχολιασμό και στη συνέχεια, τη δεύτερη μέρα του εργαστηρίου συντάξαμε ένα έγγραφο ανακοίνωσης δεδομένων για υποβολή σύντομα στο Ανακοινώσεις Πόρων Μικροβιολογίας. Κάθε μαθητής έκανε τη δουλειά μόνος του, συμπεριλαμβανομένων όλων των βημάτων της γραμμής εντολών… αλλά δούλευαν μαζί σε ομάδες για να βοηθήσουν όποιον κολλούσε. Η διαδικασία δεν ήταν άψογη, αλλά καταφέραμε σχεδόν όλα όσα είχαμε σχεδιάσει (πρέπει να απορρίψουμε την ενότητα για τα φυλογενετικά δέντρα, συγγνώμη από τον Jonathan Eisen. 🙂
Εκτός από τη δουλειά, φτάσαμε στην περιοδεία JPL που ήταν φανταστική! Φτάσαμε στον έλεγχο αποστολής (γνωστός και ως το Κέντρο του Σύμπαντος), στο μουσείο εκεί, στις εγκαταστάσεις συναρμολόγησης διαστημικών σκαφών και στην περιοχή δοκιμών των ρόβερ του Άρη. Όλα τα υλικά που σχετίζονται με το εργαστήριο είναι διαθέσιμα ηλεκτρονικά στη διεύθυνση τη σελίδα wiki του εργαστηρίου μαςσίγουρα αξίζει να το ελέγξετε για όποιον ενδιαφέρεται να διευθύνει αυτό το είδος εργαστηρίου.
Θα ήθελα να επισημάνω ιδιαίτερα τους εκπληκτικούς πόρους που έχει συγκεντρώσει ο Mike Lee Η ιστοσελίδα του (Happy Belly Bioinformatics), που είναι ένα χρυσωρυχείο για τη διδασκαλία της βιοπληροφορικής σε αρχάριους. Κάθε φορά που ξανακάνω κάτι τέτοιο, από εκεί θα ξεκινήσω!
Ευχαριστούμε και πάλι όλους τους διοργανωτές για τη σκληρή δουλειά τους και όλους τους καταπληκτικούς μαθητές και επισκέπτες που παρακολούθησαν το εργαστήριο!
